Der Musikunterricht wird am Theodor-Fliedner-Gymnasium in der Sekundarstufe I in allen Jahrgangsstufen – teilweise im halbjährlichen Wechsel mit Kunst – erteilt. Dabei werden die Kompetenzbereiche Rezeption (Analysieren und Interpretieren von Musik), Produktion (Musizieren und Gestalten) sowie Reflexion (Erläutern und Beurteilen) angesprochen. Die Schüler*innen lernen dabei Bedeutungen, Entwicklungen und Verwendungen von Musik kennen und bauen allmählich ein Repertoire an Kenntnissen musikalischer Strukturen („Musiktheorie“) sowie methodischer und medialer Fähigkeiten auf. Der Unterricht zeichnet sich insgesamt durch eine große inhaltliche Bandbreite aus: Epochen vom Mittelalter bis in die Gegenwart sowie unterschiedliche Stile und Genres werden dabei behandelt. Das eigene Musikmachen nimmt immer wieder einen großen Raum ein. Hierzu stehen zwei gut ausgestattete Fachräume mit einem reichhaltigen Instrumentarium zur Verfügung. In der Sekundarstufe II werden abhängig von den Wahlen Grund- und Leistungskurse sowie vokal-instrumentalpraktische Kurse angeboten. Zudem sind Facharbeiten und besondere Lernleistung in Musik möglich.

Über den musikpraktischen Bereich sind Musikunterricht, die AG-Arbeit in den verschiedenen Ensembles sowie die schuleigene „Musikschule“ mit der Möglichkeit, ein Instrument zu erlernen und in der Regel auch zunächst auszuleihen, miteinander verbunden und verzahnt. Ergebnisse und Produkte aus dem Unterricht werden immer wieder auch öffentlich – beispielsweise im Rahmen des Tages der offenen Tür – präsentiert.