Am Theodor-Fliedner-Gymnasium gehören regelmäßige Gottesdienste und Andachten zum Schulalltag. Im wöchentlichen Wechsel findet beispielsweise eine von den Schüler*innen mitgestaltete Andacht für jeweils eine Jahrgangsstufe in der Aula statt. Jeweils vor den Ferien ist die „Frühschicht“ als weiteres regelmäßiges Andachtformat für die gesamte Schulgemeinde etabliert. Hierbei erhalten alle Schüler*innen, Eltern, Lehrer*innen und Mitarbeiter*innen vor dem Unterrichtsbeginn des letzten Schultags vor den Ferien die Möglichkeit, einen Moment innezuhalten und auf die vergangenen Schulwochen zurückzublicken. An die „Frühschicht“ schließt sich ein gemeinsames Frühstück in der Cafeteria an. Zudem sind weitere Andachten anlässlich besonderer Ereignisse oder zum Gedenken Teil der Schulkultur. Zu Weihnachten und zum Abitur werden darüber hinaus Gottesdienste in den nahegelegenen evangelischen Kirchen in Kaiserswerth gefeiert.